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基因組測序 de novo基因組測序 真菌基因組測序

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真菌屬于較低等的真核生物,種類繁多,在自然界中分布廣泛。據估計,全世界約有150萬種真菌,其中包含許多具有重要藥用價值和食用價值的有益真菌,同時也存在著大量能引發動植物病害的致病菌。因此,合理利用有益真菌,控制和預防有害真菌對人類的生產和生活具有重要的意義。而真菌基因組的闡明,將為真菌特性的分析提供重要依據。隨著高通量測序技術的成熟,基因組測序成本已大大降低,使得快速而經濟的進行真菌基因組測序成為可能,目前真菌基因組學研究已經進入了一個快速增長時期。 

1.真菌基因組掃描圖

構建Illumina PE~400bp)文庫,通過Illumina Hiseq平臺測序并進行de novo基因組組裝,初步獲得基因組序列和功能注釋信息。

2.真菌基因組精細圖

構建IlluminaPacbio文庫,通過IlluminaPacbio Sequel平臺測序并進行de novo基因組組裝,獲得基因組精細圖并進行深度生物信息挖掘。

美吉優勢

         擁有交互式真菌基因組云平臺,分析內容全面,數據交付快速,性價比更高;

         擁有標準化操作實驗室和高通量測序技術平臺,實驗周期短,質量可靠;

         擁有多種測序平臺和強大的計算機資源,提供最佳的測序解決方案和快速的數據分析平臺;

         技術人員經驗豐富,可根據客戶需求提供實驗方案、解決實驗問題、分析實驗結果;

         擁有專業的生物信息團隊,可提供個性化的生物信息分析服務;


實驗流程



生信分析

技術參數


1.承諾指標


產品

承諾技術指標

Illumina平臺

每個樣品提供約定的測序量,測序質量Q30達到80%以上,整體測序覆蓋深度不低于100倍,基因組單堿基錯誤率平均低于十萬分之一

Pacbio平臺

scaffold N50>1M,單堿基錯誤率平均低于十萬分之一


2.項目周期(從質檢合格到標準分析結束)


產品

承諾項目周期

真菌掃描圖

25-30個自然日

真菌精細圖

50-60個自然日


3.送樣要求


樣品類型

送樣要求

菌體

培養收集單核的真菌組織;菌體培養不要太晚,最好在未產生菌絲或者菌球之前收集菌液,菌液離心富集棄去上清后送沉淀,2ml離心管裝滿3管送樣(具體操作:離心后棄掉上清,繼續離心菌液到原離心管中,棄上清直至裝滿); 

將裝有菌體沉淀的離心管在干冰/冰袋條件下寄送,或是暫時存放于-80后再干冰/冰袋寄送。另送1-2份樣品備份; 

如樣品是從自然界中直接分離的真菌組織,如食用真菌,盡量采集新鮮樣品,將組織置于75%乙醇中進行消毒(時長根據組織的大小及生長換將而定),然后用ddH2O漂洗數次,洗去污漬及殘留的乙醇,采用干冰寄送;

DNA

掃描圖基因組DNA:雙鏈DNA總量1μg,濃度20ng/μL,OD260/280=1.8-2.0,OD260/230=1.8-2.2;DNA的主峰帶明顯且在2kb以上,無明顯RNA污染; 

精細圖基因組DNA:雙鏈DNA總量15μg,濃度50ng/μL,OD260/280=1.8-2.0,OD260/230=1.8-2.2;DNA的主峰帶明顯且在15kb以上,無明顯降解,無明顯RNA污染; 

為了避免DNA樣品的降解,寄送過程中務必保證足夠的干冰/冰袋,避免樣品反復凍融,送樣時注明溶劑組分;  

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美吉客戶文獻案例一:紅毛癬菌和紫毛癬菌基于基因組的系統進化分析[1]

 

紅毛癬菌和紫毛癬菌是人類皮膚真菌感染的常見病原菌,前者可感染皮膚和指甲,而后者僅感染頭皮。這兩個物種在表型上不同,但在系統遺傳學上高度相似。文章基于ITS、LSU、TUB2、EF3、RP 60S L1和全基因組序列,將分子系統發育和生態數據結合起來,重新進行皮膚真菌的系統分類。結果發現Trichophyton rubrumTrichophyton Violaceum序列有99%的同源性,表型的差異可能是由于一些特有基因、分泌蛋白、黏附素、代謝途徑的差異導致的。




圖一:基于ITS的進化分析

圖二:基于ITS、LSU、TUB2、EF3、RP 60S L1的進化分析

圖三:基于全基因組的進化分析


參考文獻:

[1]Zhan P , Dukik K , Li D , et al. Phylogeny of dermatophytes with genomic character evaluation of clinically distinct, Trichophyton rubrum, and, T. violaceum[J]. Studies in Mycology, 2018:S0166061618300071.

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